Theo Quyết định số 243-QĐ/TW ngày 24/1/2025 của Bộ Chính trị, Đảng bộ Chính phủ trực thuộc Ban Chấp hànhTrung ương Đảng. Đảng ủy Chính phủ có chức năng lãnh đạo toàn diện việc thực hiện nhiệm vụ chính trị của Chính phủ; công tác tổ chức, cán bộ theo quy định về phân cấp quản lý; công tác xây dựng Đảng, công tác quần chúng trong Đảng bộ Chính phủ.
Đảng bộ Chính phủ gồm các tổ chức đảng ở các bộ (không bao gồm tổ chức đảng Bộ Quốc phòng, Bộ Công an), cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, tập đoàn kinh tế, tổng công ty, ngân hàng thương mại nhà nước (gọi chung là doanh nghiệp nhà nước) và các cơ quan chuyên trách tham mưu, giúp việc, cơ quan chuyên trách Đoàn Thanh niên của Đảng ủy Chính phủ.
Các tổ chức đảng trực thuộc Đảng ủy Chính phủ gồm Đảng bộ các bộ: Bộ Tư pháp; Bộ Công Thương; Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch; Bộ Ngoại giao; Bộ Y tế; Bộ Giáo dục và Đào tạo; Bộ Tài chính; Bộ Xây dựng; Bộ Nông nghiệp Môi trường; Bộ Khoa học và Công nghệ; Bộ Nội vụ; Bộ Dân tộc - Tôn giáo và Đảng bộ các cơ quan: Ngân hàng Nhà nước; Thanh tra Chính phủ; Văn phòng Chính phủ; Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam; Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam; Đài Truyền hình Việt Nam; Đài Tiếng nói Việt Nam; Thông Tấn xã Việt Nam và Đảng bộ các cơ quan tham mưu, giúp việc của Đảng ủy Chính phủ; Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam; Tập đoàn Điện lực Việt Nam; Tập đoàn Than - Khoáng sản Việt Nam; Tập đoàn Hoá chất Việt Nam; Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam; Tập đoàn Bưu chính viễn thông Việt Nam; Tập đoàn Công nghiệp Cao su Việt Nam; Tổng Công ty Công nghiệp Xi măng Việt Nam; Tổng Công ty Hàng không Việt Nam; Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam; Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam; Tổng Công ty Cảng Hàng không Việt Nam; Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam; Tổng Công ty Đầu tư và kinh doanh vốn nhà nước; Ngân hàng thương mại cổ phần Ngoại thương Việt Nam; Ngân hàng thương mại cổ phần Công thương Việt Nam; Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam; Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam; Ngân hàng Chính sách xã hội Trung ương; Ngân hàng Phát triển Việt Nam; Tổng Công ty Sông Đà; Tập đoàn Bảo Việt; Bảo hiểm Tiền gửi Việt Nam; Tổng Công ty phát triển nhà và đô thị; Tập đoàn Dệt may Việt Nam; Tổng Công ty Thuốc lá Việt Nam; Tổng Công ty Thép Việt Nam; Tổng Công ty Lương thực miền Bắc; Tổng Công ty Lương thực miền Nam; Tổng Công ty Cà phê Việt Nam.